Fils de propriétaire viticulteur, Jean Nougaret est né en 1939 à Béziers. Dès son plus jeune âge il s’intéresse à l’architecture romane. Sa passion l’amène à sillonner son département natal à la découverte des monuments et des ouvrages d’art médiévaux.

En 1958, Jean Nougaret commence des études d’histoire de l’art à la faculté des lettres de Montpellier et soutient en 1962, sous la direction de Hubert Galet de Santerre, un diplôme d’études supérieures consacré au peintre montpelliérain Alexandre Cabanel : Alexandre Cabanel, sa vie, son œuvre, essai de catalogue. Ce mémoire universitaire est un jalon essentiel de la réhabilitation de l’artiste, qui conduit à l’organisation d’une première exposition monographique, « Alexandre Cabanel (1823-1889) », au musée Fabre, en 1975. Tout au long de sa vie, Jean Nougaret rassemble une riche documentation qui lui permet de constituer un catalogue raisonné de l’œuvre du peintre. À l’occasion de la rétrospective consacrée à l’artiste en 2010 au musée Fabre : « Alexandre Cabanel, la tradition du beau », il publie un premier catalogue sommaire de l’œuvre peint de Cabanel. Son travail d’érudition est une source incontournable pour le classement de l’œuvre foisonnant de l’artiste et la connaissance des tableaux et dessins qui lui sont attribués.

Un autre ouvrage de référence est sa thèse de doctorat de III^e cycle, Pézenas. Evolution urbaine et architecturale du XVI^e au XVIII^e siècle, que Jean Nougaret soutient en 1969. Ce travail pionnier est publié en 1979. Son professeur d’histoire de l’art à la faculté, Jean Claparède, également conservateur du musée Fabre, désigné pour mettre en place l’Inventaire Malraux de 1965 à 1975, l’invite à participer au recensement et à l’étude des richesses artistiques de la région. Jean Nougaret occupe la charge de conservateur au musée Devuillot-Saint-Jean de Pézenas de 1969 à 1976 et rejoint le service régional de l’Inventaire dont il devient secrétaire régional de 1970 à 1980 puis conservateur, de 1980 à 2004. À partir de 1993, il occupe les fonctions émérites de conservateur des Antiquités et Objets d’art de l’Hérault.

Jean Nougaret est l’auteur de très nombreuses publications et contributions, tant scientifiques que de vulgarisation destinées à un plus large public intéressé par le patrimoine. En 2005 paraît son grand ouvrage Montpellier monumental qui retrace l’histoire et l’évolution de l’architecture publique de la ville, du XI^e au milieu du XX^e siècle, tel l’aboutissement d’une carrière entièrement dédiée à l’art et au patrimoine.